Tháng 9 năm 1991 tỉnh Hà Tĩnh tái thành lập từ tỉnh Nghệ Tĩnh. Giai đoạn này hệ thống y tế của Hà Tĩnh còn nhiều bất cập, với 9% số xã chưa có Y sĩ, trên 30% số xã chưa có Hộ sinh, các phòng khám đa khoa khu vực, phòng khám liên xã và bệnh viện tuyến huyện đa số xuống cấp thiếu nhân lực phục vụ, bệnh viện đa khoa Tỉnh đang trong quá trình xây dựng. Trước thực trạng đó, theo đề nghị của Sở Y tế Hà Tĩnh ngày 04/4/1992, UBND Tỉnh đã ra quyết định số 345/QĐ-UB (Về việc thành lập trung tâm đào tạo và bổ túc cán bộ Y, Dược thuộc Sở Y tế). Bác sĩ Phan Văn Lịch được cử làm giám đốc Trung tâm. Thời kỳ 1992 - 1994 Trung tâm có 18 cán bộ và giáo viên với chức năng nhiệm vụ chủ yếu: Tập huấn, đào tạo lại nhân viên y tế theo các chương trình y tế quốc gia, chưa triển khai đào tạo mới nhân lực y tế. Trên cơ sở trung tâm bồi dưỡng đào tạo cán bộ của ngành, do nhu cầu bổ sung và bồi dưỡng cán bộ y tế địa phương. Được sự đồng ý của Bộ Y tế - Bộ Giáo dục và đào tạo, ngày 8 tháng 9 năm 1994 Chủ tịch UBND tỉnh Hà Tĩnh quyết định thành lập Trường Trung học Y tế Hà Tĩnh. Với chức năng nhiệm vụ của Trường: Đào tạo mới, đào tạo lại, bồi dưỡng cán bộ y tế của ngành theo định hướng của Bộ Y tế và nhu cầu thực tế của địa phương.

          Những ngày đầu mới thành lập từ Trung tâm đào tạo bồi dưỡng cán bộ của Sở Y tế với 18 cán bộ giáo viên, cơ sở vật chất hầu như chưa có gì. Ban Giám hiệu nhà trường có 2 người; Bác sĩ Phan Văn Lịch - Hiệu trưởng, Bác sĩ Lê Thị Thư - Phó Hiệu trưởng kiêm bí thư chi bộ. Vạn sự khởi đầu nan, với khó khăn chồng chất, nhưng do nhu cầu đào tạo cán bộ cho cơ sở là hết sức cần thiết, vì vậy được sự quan tâm của UBND Tỉnh, Sở Y tế, Sở Giáo dục và đào tạo. Đặc biệt Trường đã được sự quan tâm giúp đỡ của Vụ Khoa học và đào tạo Bộ Y tế. CBCNV, giáo viên nhà trường cùng nhau vượt khó khăn vừa xây dựng nhà cửa, mua sắm tài liệu, trang thiết bị phục vụ dạy học, vừa tầm sư học đạo, liên kết với các trường bạn để gửi đào tạo học sinh trong những năm đầu. Các lớp Y sĩ khoá 1, 2 được gửi đào tạo ở Trường trung học Y tế Thừa Thiên Huế và Cao đẳng Y tế Thanh Hoá.